税務調査(個人の所得税)について

　ご相談の内容から「税務調査」ではなく、「税務署からの否認通知について」という書面による従業員の方の源泉徴収内容の確認と思われます。
　税務上の対応としては
①税務署からの税務調査に対し、対象者へ所得状況の確認と、徴収・納付所得税に不足があった場合には、該当年の年末調整につき再計算を行い、徴収・納付を行う。
②年末調整再計算を行った後の源泉徴収票に変更が生じるため、
　変更後の源泉徴収票を本人へ渡す。
③「②」について、住民税の金額が変わる可能性があるため、
　変更後の給報(源泉)を、市区町村へ提出する。
で問題ないものと考えます。
　本件については源泉徴収義務者である貴社における自主的な見直しに相当しますので、加算税は賦課されないものと思われます。
　これ以外には社会保険における扶養親族の見直しや、貴社における家族手当等を調整する可能性がありますので、「対象者へ所得状況の確認」については従業員のご家族の所得状況を源泉徴収票等の資料を提出して頂いて内容を精査することが必要と考えます。

社員の扶養控除などの年末調整が違っていたということです。
税務署には、市役所から通知が言っています。
会社が行うことは、社員に対して、市役所で、奥様やその他の扶養の方の
所得証明書をもらうように、言います。
その証明書で、再度違っている年度の年末調整を行い。源泉徴収票を再発行して、違っている源泉税の金額を納付することです。
また、社員から、その金額をいただくことです。


知識不足で申し訳ないのですが、本調査に対し会社が行うこととしては
以下内容でよろしいでしょうか？
調査の用紙には納付のことしか書かれておらず、他本人の源泉徴収票や
給報の訂正に関することは記載がありません。

上記は、こちらで調べます。上記記載。

何をすればいいのか、確認させていただきたくお手数ですがご指導の程
お願い致します。


上記記載。社員の家族の所得証明をもらっていただきます。
【会社が行わなければならないこと】
①税務署からの税務調査に対し、対象者へ所得状況の確認と、徴収・納付所得税に不足があった場合には、該当年の年末調整につき再計算を行い、徴収・納付を行う。

はい、違っていることは、税務署は、100％知っています。

②年末調整再計算を行った後の源泉徴収票に変更が生じるため、
　変更後の源泉徴収票を本人へ渡す。


はい。その通りです。

③「②」について、住民税の金額が変わる可能性があるため、
　変更後の給報(源泉)を、市区町村へ提出する。


そうです。


上記３点を想定しているのですが、他に何か必要な手続きや不要な手続きはございますでしょうか？


納付も行います。差額を社員からいただきます。

また、「③」は、再計算後の住民税額は、会社宛に通知が届くものでしょうか？


多分ですが、役場が承知していなければ、追加の住民税額が、届きます。
もう反映しているかもしれません。

過去の分のことなので、どのように処理されるのかが分からず心配です。
お手数ですが何卒ご指導の程宜しくお願い申し上げます。


上記記載。その年度の年末調整の再計算をしてください。差額を納めるだけです。
面倒ですが、宜しくお願い致します。

竹中先生　小川先生
　お世話になっております。
　詳しくご指導いただきありがとうございます。大変たすかります。
　竹中先生、小川先生のご指導をもとに必要手続きを進めるように致します。
　恐れ入りますが今後とも何卒宜しくお願い申し上げます。