税務調査について

従業員、役職者の口座の流れを把握してくるのでしょうか？

　　⇒　必ず把握しているとは言えませんが、不自然な口座の動きがある場合は、税務署でも「資料」として保有している可能性があります。
　　　　また、従業員の口座に関しては少ないと思いますが、代表者や役員などの銀行口座や通帳は確認することがあります。

　回答が漏れておりました

借金があり口座残高が少ない従業員が働いているところは横領があると考え、厳しくなるものでしょうか？

　⇒　このような話は聞いたことはありませんが、調査の過程で不自然な金員の流れがある場合は、関連する役員や担当者、その従業員から話を聞くことはあると思います。