修正申告か更正について

ご質問の内容だけからは、どう対応すべきかアドバイスすることは難しいので、基本的な考え方や対応方法の選択肢についてお答えしてみます。

１．基本的な考え方

（１）修正申告をするか、更正を受けるかという問題と重加算税を受け入れるかどうかという問題は別の問題です。修正申告をしても重加算税について争うことはできますし、更正を受ける場合には重加算税が必ずセットになるわけでもありません。

（２）ただし、重加算税の対象になるのは、過少申告加算税の対象になる場合だけですので（国税通則法68条）、修正申告をすると過少申告加算税の対象になり重加算税を賦課しやすくなります。

２．選択肢

（１）順当な対応方法は、税額についての指摘を受け入れるのであれば、「指摘事項については調査官の言う通りなので修正申告はするが、重加算税についてはこれこれの理由で受け入れられないので、賦課された場合には争う」旨を明確に伝えておく。重加算税が賦課された場合には、争うことになります。

（２）「指摘事項については調査官の言う通りだとは思うが、重加算税についてはこれこれの理由で受け入れられないので、重加算税を賦課するのであれば修正申告を行わない」旨を伝え、更正と重加算税の賦課を待つ。この場合も、重加算税が賦課された場合には争う方向になるでしょう。

国税当局がどのような対応をするかは、当然ながら案件によって変わってきます。修正申告をするのであれば重加算税は賦課しないという判断をする場合もあるでしょうし、更正をしてかつ重加算税を賦課すべきであると判断する場合もあるでしょう。争いになった場合に重加算税を取り消さざるを得ない状況になる可能性や、納税の衡平感等を材料に、時には使命感から、時には現実的な判断からどうするかを選択します。納税者は主張すべきことを主張した後は、国税当局の選択に応じて、争うのかどうかを決め対応していくだけでです。

なぜ重加算税を受け入れられないのかをしっかりとした根拠で調査官に説明できるかどうかがとても大事だと思います。

重加算税を賦課できるのは、課税標準又は税額等の計算の基礎となる事実の全部又は一部を「隠蔽又は仮装」した場合に限られています。
https://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/hojin/100703_02/00.htm

ご相談のケースでは、上記の事務運営指針に記載されている隠蔽行為や仮装行為があったのでしょうか。
更に、重加算税を課する場合には、調査官はどこに隠蔽や仮装があったかを説明する義務がありますが、その説明はあったのでしょうか。
隠蔽や仮装行為がないところに重加算税を課すことはできませんので、その点を明確にするべきと思います。
調査の現場では、本来は重加算税が課されないものに対しても重加算税を課そうとしてくる調査官が存在しているのが実情です。
まずは、事務運営指針のどこに該当するかの説明を求め、その説明に納得ができるかどうか確認されるのが宜しいと考えます。
調査官が説明に困った場合には重加算税の話を取り下げることはよくあります。

両先生ありがとうございます。
重加算に関してはまだこちらが抗弁する時間はあり、抗弁しても取り下げない場合に備えてどうしようかと思っているところです。
岡本先生の選択肢（２）でいくことになると思います。