更生の請求　還付金の処理について

税金を納めすぎた場合には、更正の請求書を税務署長に提出することになります。今回は、関連会社の修正申告に基づいて、税務署長が更正したものと考えます。
還付された金額は、税金の還付金です。法人税、又は、消費税になると考えます。税務署からの通知書に詳細が記載されています。確認されたら良いと思います。

更正通知書を見てないので推定になります。
更正とは、申告書の計算において、納付すべき税額が多すぎた、還付金の金額が少なすぎた、欠損金の金額が少なすぎたなどの会社にとって不利な申告をしてしまった場合に、税務署等に正しい金額に訂正してくださいとお願いする手続きです。
原則として更正の請求として行われるものです。
今回関連会社の調査したら、関連会社の所得が過少であるので修正申告により過少分を追加で納付してもらい、その取引の相手である当社との取引から当社が過大に納付されている金額を還付しますよとの内容だと思います。
更正通知書の内容をみていただき、その内容にそって処理していただければと思います。
内容見てもどのように処理してわからなければ、送付元の税務署にお尋ねすれば教えていただけますよ。

ご回答いただきましてありがとうございます。
再度、更生の通知書を確認してみたところ、過去3期にわたり更生されておりました。
各期の通知書に「申告又は更生前の金額」や「更生又は決定の金額」という別表４に関するであろう記載があり、「翌期首現在の利益積立金額について」という別表5-1に関するであろう記載がありました。
これらが、先生方がおっしゃられている処理内容にあたるものでしょうか？
過去3期分、更生の通知書に記載されている内容に沿って、修正していくという認識であっていますか？

その様な理解で良いと考えます。

関連会社の修正申告に基づき、御社の過去の３期分の法人税の申告書を通知書の通りに更正決定しましたということです。対応する事業年度に申告した御社の申告書と一緒に保管しておき、次の決算の時は直近の年度の更正通知書の別表４と５－１をもとに申告書を作成してください。