修正申告書が間違っていた場合

5年分すべてに架空経費があることが明らかであれば、修正申告も5年分出しておいた方が宜しいと考えます。
実地調査が入って、過去の年分にも非違が疑われる場合には調査期間を延伸することが認められていますので、5年ないし7年間調査される可能性もあり得ます。それであれば最初から5年分を自主的に修正申告しておいた方が重加算税を回避できますので宜しいと思われます。

職場兼自宅の家賃に関しては、職場部分が明確に区分されている場合に、区分された職場部分の家賃だけが経費にすることができます。明確に区分されていない場合には全額が経費否認される危険性があります。
経費にする以上は職場部分を物理的に明確に区分することが必要です。

正しい修正申告をして、調査に対しても誠意をもって対応することが望ましい方法と考えます。

早速のご回答ありがとうございました。

PCがあれば場所を選ばない仕事のため（ただし委託元への出社は月6日程度必要）、元々実家だったこともあり、現住所は「仕事のために借りた」部屋、という認識で全額経費にし、さらにその往復交通費も経費としておりました。
実家の家賃は入れていないのでよいだろう、という程度の甘い認識でした。そのため確定申告書にも（意味が分からないままでしたが）住所は現住所を、事業所所在地に実家住所を記載していました。

お恥ずかしいのですが、元々、心療内科等に通っており、人と面と向かって話したり、部屋に入られるのにかなり抵抗があります。
税理士の方と契約すれば力を貸していただけるかも、と思う反面、税理士の方に現状を話すのも辛く、経費ゼロでよいので重加算税さえ払わなければそれでよい、という気持ちに傾いているのですが、調査官の人にそのように伝えてもそうはならないのでしょうか。

実地調査が始まってから架空経費(仮装隠蔽した経費)が指摘された場合には、重加算税の対象となってしまいますが、実地調査が始まる前に自主的に修正申告をしておけば、少なくとも重加算税は回避できます。そして、過少申告加算税も調査開始後であれば10%のところが5%に軽減されます。

税理士の立ち会いがないと、調査官は自分に都合の良い解釈をして追徴課税する傾向がありますのでご注意ください。
できれば税務調査対応に長けた税理士に、早めに相談されるのが望ましいと思います。
税理士費用はかかりますが、税理士に依頼することで調査官との折衝も税理士がしますので、精神的な苦痛や追徴課税・加算税などを考えますとそれ以上の効果が期待出来ると思われます。