売上の名目の偽りについて

答えがない答えになりますがご容赦ください。

①このような処理は税務調査で発覚し…
→発覚するかどうかは運です。ばれるばれないのお話です。だからと言っていいという話ではもちろんないですが。
御社は売上は上げているので、御社の脱税ではないですが、お客様の先の脱税の幇助罪になるのではないかと思います。脱税については、所得税法、法人税法などの各税法に基づき、一般的に10年以下の懲役もしくは1000万円以下の罰金に処せられる（併科あり）こととされています。ほう助とされると、幇助犯の法定刑は、正犯の刑を減軽した刑である（必要的減軽、刑法63条）とされていますので、脱税よりは軽くはなりますが罪にはなります。（実際どの程度軽減されるかは弁護士の先生の範疇ですので何とも言いかねます)。

②お客様のところにも反面調査にいくのでしょうか？
行きますとはだれも言い切らないでしょうが、見つけたら行く可能性は高いと思います。

どちらにせよ、罪になる事ですのでできるだけ早くやめたほうが良いのではと思います。