個人事業主への調査基準について

税務署は経費がいくらか知り得ないと思います。

そのとおりですが、経費が12万円なのかどうか（あるいは例えば収入が600万円で経費が552万円なのかどうか）を確認するために調査をする場合もあるということです。

所得と収入の差が少ないほど、経費の信憑性が高いように感じるのですが、金額の大きさとは関係なく調査は行われるのでしょうか。
もちろん断定的には言えないと思うのですが、気休めのために教えていただきたいです。

業種によって利益率が異なるため一概には言えません。
一般的に税務調査は申告もれなどの明らかな証拠を把握した場合のほか、何らかの理由に基づいて行われるものですが、その中には事業規模は小さそうでもその内容を把握するためという理由もありえます。