中途入社 年末調整

11月に入社し、それ以前は個人事業主であった従業員について、年末調整の取り扱いについての認識は基本的に正しいと考えられます。以下のような対応が必要です。

年末調整の実施: 従業員が11月に入社し、その給与から源泉徴収されている所得税の過不足を調整します。この場合、月給40万円から3000円の所得税が源泉徴収されているので、年末調整で実際の税額を再計算し、すでに徴収された3000円の還付を行うことになります。

源泉徴収票の作成: 源泉徴収票には、入社後（11月以降）の給与所得のみを記載します。前職が個人事業主であったため、給与所得としての扱いはありません。

確定申告の必要性: 前職が個人事業主であり、そこでの所得は給与所得に含まれないため、1月から10月の間に得た所得については従業員本人が自主的に確定申告を行う必要があります。個人事業主としての所得については、必要な経費や控除を考慮して所得税等を計算するためです。

記載事項の確認: 源泉徴収票には、入社後に支払われた給与総額、課税対象額、源泉徴収された税額を正確に記載します。個人事業主での所得は記載しませんが、必要に応じて摘要欄に補足情報を記載することも考慮できます。

相談者様のご認識の通りになると思います。