R1年扶養控除等申告書を提出しているのに、年末調整をしてもらえません。なぜでしょうか？

結論から申しますとＢ社では、Ａ社分給与を加味した年末調整はできません。Ｂ社分の年末調整済みの源泉徴収票とＡ社分の源泉徴収票とを合算して確定申告をすることになります。

年末調整とは給与所得者に対する年間所得と税額を確定・精算する制度ではありますが、これは勤務先企業が行うことを前提にその企業が把握できる情報のみでしかできません。また、同時に複数の勤務先がある場合には、「給与所得者の扶養控除等申告書」は1ヶ所しか提出できないことになっています。従って、「給与所得者の扶養控除等申告書」が提出された勤務先しか年末調整は出来ず、かつ、自社で支給した給与分についてしか年末調整の対象にはなりません。考えてみれば当然のことですが、他社の情報などわかるはずもなく、年末ギリギリに賞与が出るなどのこともあります。（退職者の前職分とは異なります）

また、Ａ社分の源泉徴収の件ですが、上記に記したとおり「給与所得者の扶養控除等申告書」は1ヶ所しか提出できませんので、2019/10/1時点でＡ社には甲欄適用者ではなくなった旨の届出をしておく必要があったことになります。
以上、誤解なきようご理解ください。

福田先生
　お世話になって居ります。
　早速のご回答ありがとうございます。

　そうすると、B社は私の年末調整を行う必要があるということですよね？
　B社人事課からは、「A社源泉がないとできない」と言われましたが、それは理由にならないということですものね？

　それから、A社ですが、2019/10/1時点で、契約内容の変更に伴い、甲欄適用者ではなく、乙欄適用者になりました。
　しかし、A社の人事課からは何も言われていません。
　私が何かしないといけないのですか？
　契約内容変更も、給与計算も行っている人事課が、乙欄に変更するべきではないのですか？

　誤解がありましたらすみません、A社の対応も、B社の対応も不安が残ります・・。

前回の回答について一部誤った部分がありましたので訂正させていただきます。

建前上は、Ｂ社の年末調整は、Ｂ社が支給した給与とそれ以前に主たる給与として支給されたＡ社の1月1日から9月30日までの給与が対象になります。それゆえ、Ｂ社は「年末調整ができません」と言っているものと思います。
従って、Ａ社は10月1日時点において甲欄適用者から乙欄適用者に変更した時点で1月1日から9月30日までの給与について甲欄適用の源泉徴収票を発行し、質問者様に配布する必要があったということになります。また、別途10月1日から12月31日までの給与について乙欄適用の源泉徴収票を発行し、質問者様はこちらの源泉徴収票とＢ社の源泉徴収票で確定申告をすることになります。

たぶん、Ａ社の給与担当者が乙欄適用への切り替えをしていない可能性がありますので、念のため指摘された方がよいと思われます。

最後に、Ａ社が上記のような対応をなされなかった場合には、たぶんＡ社発行の源泉徴収票は1月1日から12月31日までの甲欄適用のものになると思われますので、Ｂ社の年末調整未了の源泉徴収票とあわせて確定申告をすれば最終的には精算されることになります。なお、来年分については乙欄適用にしてもらわないといつまでも解決しません。
以上、ご理解ください。