ダブルワーク時の各種申請等について

　回答します

①　年末調整
　　ご質問の内容からA社が、A社のみの給与分を年末調整を行うことになると思われます。
　　年末調整は「扶養控除申告書」を提出した給与の支払先でのみ行うことになります。
　　「扶養控除申告書」は1か所でしか行うことができませんので、B社の給与は年末調整の対象とすることはできません。
　　なお、年末調整時には、「扶養控除申告書」の他に「基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書」、「保険料控除申告書」などを提出して年末調整を行うことになります

②　確定申告
　　B社の給与に係る月々の源泉徴収は、「乙欄課税」をされていたと思います。
　　そこで、確定申告によりB社も含めた所得税の精算をすることになります。

③　情報交換について　
　　A社とB社が関連会社でない限り、情報のやり取りはありません。
　　関連会社であっても、出向などでなければ原則、情報のやり取りはしないと思われます。

　　ただし、給与にかかる住民税の納税は「特別徴収（給与からの天引き）になるため、A社に決定通知書が市区町村から届きますので、A社は自社が提出した「給与支払報告書」の内容以上の所得金額等を把握する可能性はあります。
　　また、それ以前に「年末調整」時に、「基礎控除申告書」へ全ての所得金額を記載しますので、A社に他社の給与の額などが把握される可能性はあります。