会計ソフトにおける売上の入力につきまして

雇用契約に基づく給与は給与所得になります。
税金の計算上も、給与の分は給与所得とした方が「給与所得控除額」が適用できるので得になると思いますがいかがでしょうか。
支払う側がどのような処理をしているか(給与としているか報酬としているか)も確認が必要と思いますが、事業所得として処理する場合には、請求書発行時点で売上に計上する必要がありますのでご留意ください。
以上、宜しくお願いします。

ご回答ありがとうございます。

給与所得の源泉徴収票も頂いているので、その分は給与所得として申告する予定です。
こちらとは別で、歩合給の部分は報酬として頂いております。
しかし、請求書には給与と報酬、両方を記載して請求しております。
この場合、毎月の会計上は報酬の部分のみ売上として計上すれば良いのでしょうか？
その際、請求書の書面上の金額とズレてしまう（給与の分を記載できないので）のが、気になります。
また、入金時には給与の分は事業主借として計上するつもりです。

こちらの方法で正しく処理できているのか、教えて頂ければ幸いです。

ご連絡ありがとうございます。
給与として受け取る金額に関しては、そもそも請求書は不要と考えます。
歩合の報酬に関してのみ請求書を発行し、その請求金額を請求書発行月の売上に計上すれ良いと考えます。
なお、給与に関する入金は事業主借で宜しいと思います。
宜しくお願いします。

ご回答ありがとうございます！
疑問が解決し、すっきりしました。
ありがとうございました。