会計ソフトの仕訳について

こんばんは、税理士の川島です。
①についてですが、入金時に売上・源泉所得税・システム手数料を計上と理解して回答致します。
ご記載の通り売上時に源泉所得税とシステム手数料を計上し、差額が売掛金となります。
例：1,100の仕事を受け、12/31に納品完了した。
　　　売掛金　　　　　　　　898/　売上高　　1,100
　　　仮払税金又は事業主貸　102/
　　　支払手数料　　　　　　100/

　　1/31　入金があった
　　　　現金及び預金　898　　/　売掛金　898
　※1　原則ですと所得税を多く収めていると思われますので、更正の請求
(還付請求)かと思われます（12/31に源泉所得税を計上していないため）。
　※2　「現金主義による所得計算の特例」を税務署へ提出していれば上記の方法ではなく、入金があった時に売上を計上する方法となります。弥生会計のURLを添付致します。https://support.yayoi-kk.co.jp/business/faq_Subcontents.html?page_id=758


②についてですが、本来の方法の方がよろしいかと思います（「現金主義による所得計算の特例」の場合を除く）。
更正の請求・修正申告をするのであれば、年度をまたいだ仕訳のみ修正を行えばよろしいかと思います。また、間違った方法から、正しい方法へ変更しているので問題ありません。
弥生会計に質疑応答がありましたのでURLを添付します。
https://support.yayoi-kk.co.jp/faq_Subcontents.html?page_id=28070#:~:text=%E7%A2%BA%E5%AE%9A%E7%94%B3%E5%91%8A%E3%81%AE%E7%94%B3%E5%91%8A%E6%9C%9F%E9%96%93%E5%BE%8C%E3%81%AB%E9%96%93%E9%81%95%E3%81%84%E3%81%AB%E6%B0%97%E3%81%8C%E4%BB%98%E3%81%84%E3%81%9F&text=%E5%B8%B3%E7%B0%BF%E3%82%92%E4%BF%AE%E6%AD%A3%E3%81%99%E3%82%8B%E5%BF%85%E8%A6%81,%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%93%E3%81%A8%E3%82%82%E5%8F%AF%E8%83%BD%E3%81%A7%E3%81%99%E3%80%82&text=%E7%B5%8C%E8%B2%BB%E3%81%AE%E5%85%A5%E5%8A%9B%E6%BC%8F%E3%82%8C%E3%82%84,%E3%81%9F%E5%A0%B4%E5%90%88%E3%81%AB%E8%A1%8C%E3%81%84%E3%81%BE%E3%81%99%E3%80%82

③についてですが、クラウドワークスと同じルール？とはどういったことでしょうか？源泉所得税の件と理解して回答致します。ライターへの報酬は源泉徴収の対象となりますので、支払う側（ライター様に依頼された方）が源泉所得税を差し引いてお支払いをして、10日までに源泉所得税を納付します。しかし、支払う側が源泉徴収義務者ではない場合には源泉所得税を差し引く必要がありません。ですので、請求時に源泉徴収義務者か確認する必要がございます（請求書に源泉所得税を記載する必要があるか）。