雇用保険料と所得税が少なく徴収されています

私の分かる範囲で記載させて頂きます
参考になれば幸いです

ご質問について、所得税と雇用保険料に分けて考えてみます。

１． 所得税
5万円なら雇用保険料も所得税もかからないと言われ5万円丸っと支給されました。
この場合、所得税は年末調整時に修正されるとして


そうですね、貴方の認識の通りとなります。
賞与についても所得税は課税されますが、最終的には年末調整で正しい所得税額を計算して、徴収不足があればその際に追加徴収しますので、結果正しく計算されることとなります。

２． 雇用保険料
　これについては税金の話ではなく社会保険に関することとなりますがわかる範囲で記載いたします。
本来、基本給と交通費と特別手当の合計額に対して0.3%掛けた金額が雇用保険料ですよね。

>賞与については、5万円支給されたのですが、雇用保険料はかかりますよね。

その通りです。

雇用保険料は次の給与の時に修正してもらえばいいのでしょうか。
また、修正してもらえなかった場合どういった弊害が起きるのでしょうか。
後から滞納ということで請求書が届いたりするのでしょうか。


雇用保険料は労働保険料の一つとして、各年度に支払った給与総額に対して会社が国に納めることとなります。
そして、雇用保険料の本人負担分については会社が給与支給の際に各人より徴収することとなります。
したがって、給与計算の雇用保険料の計算が違っているからと言って、国から請求されることはありません、しかし、その分会社の負担が増えていることとなりますので、計算間違いが分かれば、会社が各人に対して不足分の追加徴収を行うことも考えられます。

いずれにしても、会社にご確認いただくほうが良いとは思います。

尚、質問の理解が間違っていましたらご容赦ください。
では、参考までに

自分の考えが合っているのか、そして不明点
すべてお答え頂けました。ありがとうございます。
次の出勤の際、会社に相談してみます。
修正しないと雇用保険がどうなるかまで説明しないと
分かってくれない相手だったので
お答え頂けて本当に感謝です。　
ありがとうございます。