通勤費の非課税枠について

こんにちは。
結論から申し上げますと、ご質問の通り9,500円が非課税、超過分の500円が課税対象になるものと思われます。

1. 通勤手当の非課税限度額の考え方
所得税法では、通勤者が交通機関を利用するために支出する費用に充てるものとして受ける通勤手当のうち、「一般の通勤者につき通常必要であると認められる部分」を非課税としています。
この「通常必要であると認められる部分」の具体的な基準は、以下の通り定められています。
• 最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤経路および方法による運賃等の額であること。
• 1か月当たりの限度額は15万円であること。
2. 今回のケースの具体的な計算
今回の社員の方の1か月の定期券代（最も経済的かつ合理的な経路と仮定）が9,500円である場合、税務上の取り扱いは以下のようになります。
• 非課税分（9,500円）： 実際の通勤に要する「経済的かつ合理的」な金額であるため、非課税となります。
• 課税分（500円）： 支給額（10,000円）のうち、非課税限度額（9,500円）を超えている部分は「給与所得」とみなされ、所得税の課税対象になるものと思われます。