支払手数料を売掛金として間違えて計上した場合

　必要経費の増加で、所得金額が増加しますから、更正の請求ということになりますね。
　金額の単位が不明ですが、もし100円ということになりますと税額に影響がない場合が濃厚です。
　仮に100円の所得が減少した場合も税率が２０％程であった場合、納税額の変更がないものと考えます。

　文中、誤りがありました。訂正します・
　所得金額の増加で、所得金額の減少でした。

元々の収入が低く非課税のため更正の申告は必要ないかと思われます。

ですが登録してしまった売掛金は帳簿上でどう訂正すればよいでしょうか？

会計システムを使用していて過年分の訂正記帳が出ができないない状況か、はたまたどのよう状況が具体的には分かりかねますので、お伝えし辛いですね。
　もし、手書きでしたら余地を利用するか、付箋などで「支払手数料」が正しいことを明記することで第三者も十分理解できると思います。
　システムですと現在、市販されている会計ソフトは30種類とも言われ、それぞれ勝手が違う場合もあります。その場合は、製造元にお尋ねするのが良いかもしれません。

会計ソフトを使用しており、3期前のデータは編集出来ない状況です。

少額である支払手数料はもう経費として計上しないで良いと思っています。
ただただ売掛金の100円をどうにか処理したいです。

2023/01/01
事業主貸　100　／　売掛金　100

上記のように事業主貸で処理するのは不適切でしょうか？

　ご本人がご納得であれば結構だと思います。
　例えば、どうしても現金残高が実際と帳簿が一致しない場合等も事業主貸勘定を用いる場合があります。

2023年に「売掛金100／支払手数料100」で振替仕訳を入れ、科目を正しく訂正する形で処理するのが適切でございます。

所謂 逆仕訳？訂正仕訳？をして打ち消すという意味だと思うのですが、借方勘定科目を売掛金にするやり方で合ってますか…？
貸方かなと思ったのですが…