負債の資本への振り替えについて

そうした場合、株式はどう処理したらよいのでしょうか

このご質問の趣旨がよくわからないのですが、株式の名義のことであれば所謂、債務の株式化（デットエクイティスワップ）ですので、新規発行等した株式はそれぞれの債権者の名義になります。
発行株数のことであれば、時価発行が原則ですので直前期末の相続税評価額や法人税法基本通達に基づく１株当りの時価で割り当てることになると思います。
また、500万円を超える場合は裁判所の検査官による検査又は税理士等の証明が必要になるなど、会社法上の手続きを要します。

また、この場合の仕訳を教えてください。

会計上の仕訳は、資本準備金への振り当てを行わず全部を資本金とするのであれば、未払金／資本金、役員借入金／資本金、買掛金／資本金になります。
但し、税務上は、前述の時価が債務超過等で０円の場合、会計上資本金と仕訳したものが債務消滅益となり、法人税の課税対象になります。
また、債務の株式化前と後の株主の持ち株比率に変動が生じる場合、みなし贈与による贈与税の課税の可能性もあります。

債務の株式化は現物出資のひとつで、上記のように高度な判断を個別に行うことが必要ですので、こちらで全てをご説明することは困難です。
直接、税理士等の専門家にご相談された方がよろしいかと思います。