年末調整還付金の仕訳について教えてください

1.> 実際は60,000しかありません。
借方ではなく貸方の預り金が60,000円ではありませんか？毎月（借方）役員報酬200,000円／（貸方）未払費用190,000円・預り金10,000円と思いますので、12/31も同じ仕訳をします。これで貸方の預り金が60,000円になります。

2.1/25の支給時は、（借方）未払費用190,000円・預り金60,000円／（貸方）預金250,000円と仕訳します。これで預り金は0になるはずです。
3/6の源泉還付金は（借方）預金40,000円／（貸方）預り金40,000円と仕訳したのち、ご質問者様への支払いは（借方）預り金40,000円／（貸方）預金40,000円と仕訳します。これで預り金は再び0になります。

3.預り金の処理は上記1と2の通りです。

おそらく1年間の源泉預り金が12万円で年末調整による所得税が2万円であると思いますが、半年毎の納付だと7月に納付した時点で預り金が一旦0になってしまうので間違えてしまうのだと思います。

早速ご返答をいただきましてありがとうございます。
お教えいただきましたお話を整理いたします。

　　　　　　借方
12/31　役員報酬 200,000 未払費用 190,000
　　　　　　　　　　　　　　預り金　　10,000

1/25　 未払費用 190,000　　 預金 250,000
　　　 預り金　　60,000　　　　

3/6　 預金　　　40,000　　 預り金 40,000
　　　 預り金　　40,000　　 預金　 40,000

この場合、12月の給与台帳とズレが出てしまいますがよろしいのでしょうか？
12月給与（1月支給額）は 還付金と合わせて 290,000 なのですが、還付金は給与と別と考えて仕訳すればいいのでしょうか。

ご確認くださいますよう、よろしくお願いいたします。

給与台帳にどのような記載をされているのか拝見しないとわかりませんが、毎月の役員報酬はいくらなのですか？
20万円であれば29万円は間違えていますし、定期同額給与にもなりません。
また、還付金は給与ではありません。
1月支給分に還付所得税10万円を計上するのであれば、まだ還付されていない所得税の先払いになりますので
1/25　未払費用190,000　／　預金290,000
　　　預り金　 60,000
仮払金　 40,000
とし、
還付金が入金された時点で
3/6　預金　40,000　／　仮払金　40,000
と仕訳する方法もあります。　　

ご返答いただきましてありがとうございます。
こちらの書き方が悪くて伝わっていないようで申し訳ありません。
役員報酬は200,000として、12/31の給与台帳には、給与200,000、控除（還付金）-100,000と記載して、振込額を290,000としています。
この上で、1/25と3/6の仕訳を先ほどお教えいただきましたようにするのでしたら、12/31の給与仕訳は、

役員報酬　200,000　／　未払費用 190,000
　　　　　　　　　　　 預り金　　10,000

でよろしいでしょうか？

ご記載の通りでよろしいかと思います。

ご対応いただきましてありがとうございました。