決算前に経費にしないという選択はできるか

1.割合に応じた額を計上というのがわかりません。法人所有の車両を役員が私用で使うのであれば、役員から法人に使用料を支払う必要があり、これをしなければ役員に対する経済的利益の供与として法人は損金不算入の役員給与、役員は給与所得課税になると考えられます。
2.法人の経費に計上しなければ良いという話ではなく、法人所有の車両を役員が私用で使えば、1の通りです。

役員個人で何でも決めることができてしまう同族会社のご質問のような行為は、特に厳しく見られます。

ありがとうございます。
1については計上という言い方が悪かったです。すみません。

法人と社長の間で利用契約を結び、「車の減価償却費＋保険料」を12か月で割った金額を毎月の車にかかる費用として、運転記録の距離数を根拠にプライベートでの利用割合に応じた金額を社長から法人へ支払います。ガソリン代は走行距離数を元に実費を法人へ支払います。
例えば、今年の車の減価償却費100万円、年間の任意保険料20万円の場合、1ヶ月の車にかかる費用は12万円。
プライベートでの利用割合が50%なら、6万円を法人へ支払う。
以上の計算で出た額をきちんと社長から法人へ支払っていれば、プライベート利用の割合がいくら高くとも税務調査で問題ないでしょうか？、ということを改めてお伺いしたいです。

計算間違えてしまいました。
年間総額が120万円なので、1ヶ月は10万円。
プライベート利用の割合が50%なら、その月は5万円を法人へ支払います。

貴社の具体的な状況が分からない中で、金額の妥当性をネット上では判断できませんので自己責任でご判断下さい。（若しくは、税理士と顧問契約を締結して判断を仰ぐなど）
法人所有車両の私的利用が余りに多ければ「何故、法人で買ったの？」という疑問は税務署に限らず持たれるでしょう。
尤も、税務調査で調査官がどのように判断するのかは第三者にはわかりません。
同族会社の会社と役員個人間の取引は、何事も合理的に説明できるようにしておくべきというのが私の見解です。

ありがとうございました
何事も合理的に説明できるようにしておくべき、の一言に尽きると思います。そのように対処します。