補助金を利用した農業機械購入に関する仕入税額控除について
今年、新規就農者チャレンジ事業という補助金(3割補助)を利用して農業機械を購入しました。
機械：1,100万円(内消費税100万円)
補助金：330万円
今年は本則課税です。
消費税の計算するとき
100-30=70万円
を機械代の仕入税額控除額として計算するのでしょうか？
よろしくお願いします。
税理士の回答
消費税法の原則的な処理は、購入した機械の1,100万円を全額課税仕入れとして取り扱うことになってはおりますが、上記のように補助金で購入した場合、補助金を出した国や地方自治体などから、補助金で取得した分は、課税仕入れとして仕入税額控除をしないように指導され、1,100万円から330万円を差し引い770万円を課税仕入れとしていない場合、330万円で取得した部分の消費税の返還を求められる場合があります。
補助金を出した、国や地方自治体などに問い合わせて、確認して処理する必要があります。
一般の事業者が本則課税で機械を購入する場合、補助金で賄った割合だけ仕入税額を自動的に減らす計算ではありません。購入額に係る税額を基礎に、適格請求書の保存、事業使用割合、課税売上割合等で控除額を判定します。これとは別に、交付要綱に消費税仕入控除税額の報告・返還規定がある場合があります。70万円でよいかは、請求書と交付決定通知・要綱をそろえ、補助金の担当窓口とお近くの税理士事務所に分けて確認されることをお勧めします。
山本快夫
お世話になります。
ご質問に対する回答）
↓
税務上は、補助金には左右されずに、「機械：1,100万円(内消費税100万円)」につき、消費税額100万円の仕入税額控除として計算します。
そのうえで、補助金について、3割補助で330万円とのことですので、おそらく消費税「含む」で申請→補助を受けているものと想定されます。
そのうち消費税相当額30万円について、後日、消費税仕入控除税額報告という返還精算という手続に進むケースが多いと考えます。
他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になりましたら幸いです。
回答ありがとうございます。
実は3年前に別の補助金も利用して機械購入しています。
その時は返還精算手続きをしておらず、消費税の還付を翌年の雑収入と計上していました。
この場合、消費税の修整申告と、所得税の更生請求をしなければいけないということですか？
山本快夫
税務上の消費税の申告・納税計算と、補助金交付団体（国など）に対する返還精算手続は、別個のものとなります。
そのため、期がズレて消費税相当額を返還した場合であっても、確定した消費税額には影響しません。
あくまでも不課税である補助金のうち消費税相当額（不課税）について、補助金交付要綱などのルールに基づき返還するということになります。
宜しくお願い致します。
山本快夫
前回の返還精算がなされていない事情はわかりませんが、例えば「税抜」で申請している場合など、返還精算手続において精算額ゼロ報告もあり得ます。
宜しくお願い致します。
前回は返還しなければならないことを知らずに確定申告していました。
税込で申請していました。
山本快夫
税務上の消費税の申告はそのままで構いません。
あとは、補助金手続の話となります。一般的には補助金が交付されたら、消費税仕入控除税額報告の案内が届くと考えます。前回に動きがない事情はわかりません
宜しくお願い致します。
ありがとうございます。
ちなみに…返還した分の科目は何になりますか？
山本快夫
期を跨ぐケースが多いため、私は「雑損失」としています。
この科目でなくても構いません。
宜しくお願い致します。
丁寧に回答いただきありがとうございます。
また何かありましたらよろしくお願いいたします
山本快夫
少しでもご参考になりましたら幸いです。
相亰俊信
お世話になります。
いいえ、補助金を差し引く必要はありません。機械代に含まれる消費税100万円の全額を仕入税額控除（売上の消費税から差し引ける仕入れの消費税）の対象として計算します。
補助金は、国や自治体から何かの対価として受け取るものではないため、消費税の課税対象外（不課税）です（消費税法基本通達5-2-15）。また、補助金を財源にして資産を購入した場合でも、その購入が課税仕入れであれば仕入税額控除の対象となります（消費税法基本通達11-2-8）。
国・地方公共団体・公益法人等には、補助金などの「特定収入」で賄った仕入れの控除額を減らす特例（消費税法第60条第4項）があります。しかし、個人の農業者や一般の法人には適用されません。そのため「100万円−30万円＝70万円」とする計算は不要です。
ただし、次の点にご注意ください。
1．控除額の計算方法
課税売上割合（売上全体に占める課税売上の割合）が95％未満の場合、または課税売上高が5億円を超える場合は、全額を控除できず、個別対応方式または一括比例配分方式で計算します。
2．インボイスの保存
仕入税額控除を受けるには、販売店から受け取った適格請求書（インボイス）等の保存が必要です。
3．調整対象固定資産
1台の税抜価額が100万円以上の機械は「調整対象固定資産」に当たります。取得後3年間に課税売上割合が大きく変動した場合、控除額の調整が必要になることがあります。
4．課税事業者を選択している場合
「消費税課税事業者選択届出書」を出して課税事業者となった最初の2年間に今回の機械を取得したのであれば、一定期間（原則として3年間）は免税事業者に戻ることや簡易課税を選ぶことができなくなります。今後の申告方法に影響しますので、届出の状況をご確認ください。
なお、所得税の計算では、補助金は収入として扱う一方、国庫補助金等の総収入金額不算入（所得税法第42条）により、機械の取得価額を補助金分だけ減らす処理を選べる場合があります。消費税とは別の論点として、あわせてご検討ください。
ありがとうございます。
消費税の計算は補助金に関係なくすればいいということですね。
補助金を受け取った分、還付額が多くなってしまったので消費税の方で計算するものかと思っていました。
過去に利用した補助金でも
自治体から返還請求が来ていないので不思議に思っていました。
有難うございました。
本投稿は、2026年10月20日 20時42分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。
