・建設工事の原価の取り扱いについて

>　お客様の支払い分原価を当社で立替えて払いました。
お客様がご質問者様の会社以外の先にお客様が支払うべき金銭をご質問者様の会社が立替払いしたものなのか（本来の支払いの流れは、お客様→ご質問者様の会社以外の先）、ご質問者様の会社の請負金額に含まれる仕入や外注費などか（支払いの流れは、お客様→ご質問者様の会社→仕入先・外注先など）によって仕訳は異なります。
前者であれば、立替時は（借方）立替金／（貸方）現金預金、入金時は（借方）現金預金／（貸方）立替金、となりますが、
後者で上司の方の言う原価の入金ということが原価の取り消しを意味するのであれば、支払（立替）時に（借方）仕入（資材の仕入等）／（貸方）現金預金と仕訳されていれば、入金時に（借方）現金預金／（貸方）仕入といった逆仕訳と考えられます。
いずれにしてもご記載の文面では確定的なお答えができませんので、立替払いした時の仕訳を確認していただき、それを基に入金時の仕訳を判断する必要があると思います。

支払った時の仕訳を確認し、判断したいと思います。非常にわかりやすく有難うございました。