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不動産の土地建物の按分がおかしい、減価償却費が大きすぎる

投資用不動産を都心に所有しておりますが、税理士が行った確定申告において、土地建物の按分がおかしいと別の税理士から指摘を受けました。
土地と建物の按分が1対9ぐらいなのです。
このため減価償却費が異様に膨らんでおり、したがって本来税金を納めなければいけないところが逆に還付を受けられるようになっていたというのです。
その投資用不動産は勧誘されて購入したものであり、その売主の顧問税理士が無料で確定申告代行してくれておりました。
勧誘時に「税金の還付が受けられます」と言っていたので、そのセールストークを実現するためにそのような操作をしているのであろうとのことでした。
この比率はやはりおかしいのでしょうか?
逆に売却時には、売買差損をその減価償却費が上回って、低い値段で売却したにも関わらず、譲渡益になり譲渡所得税が発生するというのです。
これは税務調査で否認される恐れがありますか?
その場合過去にさかのぼってまた税理士費用をかけて申告しなおし、追徴課税され、重加算税もかかるということになりますか?

固定資産税評価額の比率が参考になると聞いたので課税明細書を見ますと、確かに土地建物が1対9ぐらいになっているようです。これは正しい評価額なのでしょうか?
あと参考になるとしたら建築標準価格などでしょうか。

税理士の回答

譲渡した際の土地・建物の按分については、以下国税庁サイトをご覧ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6301_qa.htm

個人的には、売買契約書で建物価格が不明な場合(消費税額から逆算できない場合)、固定資産税評価額に基づいて按分しており(売り主側、買い主側両方)、税務調査(売り主側)においても否認されたことはありません。

ご参考まで。

本投稿は、2019年12月02日 23時46分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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