減価償却で、損金参入せずに5年が経過した場合

法人の前提で回答します。
法人が減価償却費を税務上の損金に算入するには、会計上減価償却費を経費計上すること（損金経理といいます）が要件です。
経費に計上しなかったということは減価償却をしてないと考えられるのに、備忘価額1円が残っているというのが理解できませんので、回答することができません。

減価償却費(5年分)を損金算入していない場合は、未償却分を損金計上することは可能です。

ご質問の記載内容から質問者様は法人との前提で回答させていただきます。

ご質問のケースの場合、5年間経費を計上していないとのことなので6年目の帳簿価額は取得価額のままとなっているはずです。

例えば器具備品の取得価額が100円だとしますと、6年目に除却する場合には

固定資産除却損100 ／　器具備品100

という仕訳になります。
法人の場合には会計上では減価償却をしないことは問題ありませんが、償却不足額として経費計上の機会を放棄したものとみなされます。

よろしくお願いいたします。