法人での不動産賃貸業における建物の減価償却と決算処理について

法人税、会計ともに、減価償却の時期は、その資産を事業に使用した時からです。
税理士の方は、賃貸不動産が事業に使用されていないため、1期目に減価償却費を計上しなかったと思います。
2期目の賃貸開始した月から減価償却を開始するのが良いと思います。

　建物の減価償却の始まりのタイミングは、税法上「事業の用に供した日」ですので、１期目ではすでに５カ月賃貸を開始している、とうことですから、１期目から減価償却費を計算して損金算入（経費に入れる）ことができます。
　減価償却費を計算したのち損金算入（経費）にするかどうかについて、法人は任意ですので、１期目は赤字だから経費にしなくてもいい、という会計処理が税法上できます。その場合、建物の価額は減額されないこととなり、２期目以降で損金算入するようになります。
　 また、２期目以降は通常の減価償却費の計算をすればよく、毎期損金にする額について限度があるため、実際は損金算入できる期間が延びることになります。
　ちなみに、個人経営の場合は、減価償却費は強制償却ですので、減価償却したものとして建物の価額が減額されますので、必ずその年分の経費にしておかないといけなくなります。
　赤字の場合でも減価償却した方が良いかどうかですが、企業会計の考え方から言えば、きちんと減価償却費の会計処理をした方が望ましいと言えます。しかも赤字の金額は、今は１０年間繰り越せますので、損金算入しない理由はよほどのことが無い限り、メリットは無いと思います。それは、お書きになっているとおり、金融機関に決算書を提出することがある場合、なぜ減価償却費を経費にしないか、経理処理に何かあるのではないか、と問われることが起きることになるからです。

ご回答いただきましてありがとうございます。
今後の金融機関への説明などを考慮すると減価償却を正しく修正したいと思います。

今回のケースでは、１期目から４年かけて償却するところなのですができていないため
「２期目の決算で２年分まとめて償却し、３期目からは１年分ずつ償却する」
といった方法で修正できるでしょうか？

他に良い方法があればご教示いただけると幸いです。

　「２期目の決算で２年分をまとめて償却」はできません。それは「償却限度額」を超える償却費の損金算入はできないからです。また、１期目について、法人は確定した決算をもとに申告しているため、今から減価償却費を損金算入する訂正の手続きもできません。
　ただ結果として、建物から毎期損金算入した減価償却費を減額した額（未償却残高）が１円になるまで、４年を超えても償却の計算をして損金算入していくことができます。したがって金額の損得は起きませんし、金融機関もキャッシュフローの方に重きをおいていますから、事情を説明すればすぐ理解してくれると思います。

「建物は取得費用＋リフォーム費用を資産計上し、賃貸開始とともに減価償却をしていく予定です。」ということから事業開始前の物件と思いましたが、「１軒目の物件の賃貸を開始してから約５ヶ月」があるのですね。失礼いたしました。
会計上、２期目に「過年度訂正（減価償却費）」として１期目の減価償却費を計上し、あるべき残高にしても良いと思います（税務上は減価償却超過額として別表調整します）。