インボイス制度における健診費用の消費税処理について

論点が２つあると思いますので整理させていただきます。
①インボイスとして認められる書類についてですが、御社の場合、補助給付申請書と領収書がセットになっていると思いますので、その場合は領収書に税額または消費税率の記載、その他インボイスとして認められるために必要な記載内容があればインボイスとして認められます。

②消費税計算上の端数処理の問題になると思いますが、消費税を「割戻計算」されているか「積み上げ計算」されているかで端数処理のタイミングが異なり、「割戻計算」を採用されている場合税額がインボイスと端数分ズレることは一般的にあり得ます。
どちらの計算方法を採用されているかは会社によりますが、一般的には小売業等取引件数が多い業種以外は割り戻し計算をされていると思います。この場合はインボイスと税額が異なっていても問題ないと思われます。
もし積み上げ方式を採用されているのであれば、理論上は消費税額をインボイス記載の税額に補正する必要があるかと思います。

ご回答いただきありがとうございます。
補助給付申請書と領収書の組み合わせでのインボイス対応について、追加で確認させていただきたい点がございます。

①インボイス制度における消費税額の記載について
従業員個人名義の領収書のみでは、当社での仕入税額控除ができない認識です。そのため、立替金精算書としての補助給付申請書も必要になると思います。
現状、申請書には消費税額の記入欄がありませんが、インボイス制度上、この記入が必須になるかどうか、ご教示いただけますでしょうか。

②会社負担額と領収書総額が異なる場合
例えば、一般健診＋オプション検査を受診した場合、領収書には合算額で消費税が記載されますが、会社として負担するのは一般健診分のみです。
この場合でも、立替金精算書で会社負担分が明確になっていれば、実務上の消費税処理に問題はない、という理解でよろしいでしょうか。

お手数をおかけしますが、ご確認のほどよろしくお願いいたします。

追加のご確認ありがとうございます。

①仰る通り、原則として従業員宛の領収書のみでは仕入税額控除ができません。そのため、会社の業務に必要な支出であることを紐づけるために補助給付申請書も必要になります。
　この二つの書類は関連性が認められれば一式の書類として認められ、一式の書類でインボイスとして認められる要件を満たせば問題ありません。
　ですので、例えば申請書側に「〇月〇日書類番号①参照」としておき、該当の領収書の端に「書類番号①」とメモ書きしておけば関連資料であることが示せると思います。
　申請書に領収書記載の支払金額を記載すればなお良いかもしれません。
ここで、二つの書類は一体でインボイスとして認められるので、申請書への消費税額の記入は必須ではないと考えます。
　もしイメージがわきにくいようでしたら、国税庁のインボイスQ&A （従業員が立替払をした際に受領した適格簡易請求書での仕入税額控除）（問94-2）をご参照ください。

②端数処理の問題と思いましたが、領収書が合算であることによる問題のようですね。失礼いたしました。
あるべき論としては領収書には明細がついており、一般検診＋オプション検査が分けて明記されていることが望ましいと思います。
　ただ、それを医療機関側に求めることが困難な場合はやむを得ないという状況でしたら、申請書上で会社負担分の支払金額と内容（および会社が負担しない分の支払金額と内容）を明記する対応になると思われます。

ご丁寧に追加のご回答をいただき、誠にありがとうございます。
いただいた内容につきまして、以下の通り理解いたしました。

・補助給付申請書と領収書を関連づけることで、一体の書類としてインボイス要件を満たす形にできること
・その場合、申請書に消費税額を記載することは必須ではないこと
・会社負担額と領収書記載額が異なる場合でも、申請書上で負担区分および金額を明確にすることで、実務上問題なく処理できること

いずれも承知いたしました。
社内運用の整備にあたり、いただいたアドバイスを参考に対応を検討してまいります。

この度は丁寧なご回答をいただき、誠にありがとうございました。