インボイス制度における健診費用の消費税処理について

論点が２つあると思いますので整理させていただきます。
①インボイスとして認められる書類についてですが、御社の場合、補助給付申請書と領収書がセットになっていると思いますので、その場合は領収書に税額または消費税率の記載、その他インボイスとして認められるために必要な記載内容があればインボイスとして認められます。

②消費税計算上の端数処理の問題になると思いますが、消費税を「割戻計算」されているか「積み上げ計算」されているかで端数処理のタイミングが異なり、「割戻計算」を採用されている場合税額がインボイスと端数分ズレることは一般的にあり得ます。
どちらの計算方法を採用されているかは会社によりますが、一般的には小売業等取引件数が多い業種以外は割り戻し計算をされていると思います。この場合はインボイスと税額が異なっていても問題ないと思われます。
もし積み上げ方式を採用されているのであれば、理論上は消費税額をインボイス記載の税額に補正する必要があるかと思います。

ご回答いただきありがとうございます。
補助給付申請書と領収書の組み合わせでのインボイス対応について、追加で確認させていただきたい点がございます。

①インボイス制度における消費税額の記載について
従業員個人名義の領収書のみでは、当社での仕入税額控除ができない認識です。そのため、立替金精算書としての補助給付申請書も必要になると思います。
現状、申請書には消費税額の記入欄がありませんが、インボイス制度上、この記入が必須になるかどうか、ご教示いただけますでしょうか。

②会社負担額と領収書総額が異なる場合
例えば、一般健診＋オプション検査を受診した場合、領収書には合算額で消費税が記載されますが、会社として負担するのは一般健診分のみです。
この場合でも、立替金精算書で会社負担分が明確になっていれば、実務上の消費税処理に問題はない、という理解でよろしいでしょうか。

お手数をおかけしますが、ご確認のほどよろしくお願いいたします。