繰越利益剰余金の処分

「利益準備金」は「利益剰余金」の内訳の１つであり、会社の利益活動に対して積み立てられる準備金ですので、マイナスになることはあり得ません。
処理の誤りではないかと思われますので、正しい処理に直すことが先決です。
なお、繰越利益剰余金も「利益剰余金」の１つですので、同じ利益剰余金の中では補填という概念は起こりません。

20年以上前の処理で修正は難しいので、今期の決算でマイナスをなくしたい場合どのようにしたらいいですか？

「利益準備金」を「その他利益剰余金」とでも訂正すればいいかと思われます。マイナスでも問題有りませんが、消去したいのであれば「繰越利益剰余金」と相殺することができます。