マンションの売却に伴う会計処理について

結論
契約書に消費税額（建物対価）が明示されていない場合でも、売主（御社）は建物部分について課税売上として消費税を計算・申告する必要があります（居住用建物の賃貸は非課税ですが、譲渡は建物部分が課税、土地は非課税）。
税務上、「固定資産税評価額の土地・建物比」で譲渡対価を按分して、建物部分を税込／税抜に分解して消費税を算出する方法が一般的です。
帳簿価額（簿価）按分はおすすめしません。税務調査で「合理性が弱い」「恣意性がある」と突かれやすいです。

理由
消費税は 課税資産の譲渡等の対価に対してかかります。マンション売却では
土地：非課税（消費税なし）
建物：課税（消費税あり）
となるため、対価を合理的に区分する必要があります。

契約書で区分されていない場合、国税実務では「合理的な按分」での区分が求められ、固定資産税評価額比按分が最も説明が通りやすい定番です。