A工事C1工事の設計図面制作費について

【結論】
結論から申し上げますと、設計図面制作費のうち、自社資産（A工事）に係る部分は取得価額に含める必要がありますが、テナント負担（C1工事）に係る部分は、貴社がテナントから対価を受け取らずに負担するものであるため、原則として貴社の経費（または寄附金）となります。配付する金額はA工事分だけで問題ありません。

【理由】
理由は以下の通りです。
・固定資産の取得価額には、その資産を購入するために直接要した費用（付随費用）を含める必要があります（法人税法第48条、法人税法施行令第54条）。設計費はA工事の完成のために直接要した費用であるため、A工事の取得価額に算入します。
・一方、C1工事はテナントのために行う工事です。貴社が設計会社に全額を支払った後、そのうちC1工事分を貴社が負担し、テナントへ請求しない場合、その負担分は「テナントに対する経済的利益の供与（寄附金）」に該当する可能性があります（法人税法第37条）。

ただし、御社がどの立場であり、どういった取引なのか、質問内容から全体像を把握できておりませんので、参考程度にお考え下さい。