確定測量代、真北測定代の経費

全体のスキームを総合判断しないと、回答は安易にできないケースと思います。
専門家に依頼したほうがよいと思います。

土地の確定測量（別段、確定測量をしなくても、法人が建物を建てることができるため）については、当該土地の所有者である私個人の負担とする。

一方、真北測定については、建物の方向を決め、日陰計算等、建築設計するに必要であること、及び、当該土地との紐づけは弱いこと（つまり、真北は、当該土地を確定測量した図面に付す形となりますが、特段、確定測量がない図面であっても、真北は付すことができる性質のもの）に鑑みて、当該法人の負担とした場合、勘定としては、支払報酬料（費用）でいいのでしょうか。

個人と法人の契約により、マンションの取得価格に含めるのが、一般的と思います。

個人としての経費でしょう。
ただ、他の類似相談でも同様ですが、富樫さんは異なる見解をお持ちのようです。
他の税理士の方と私は異なる見解ですが。

当該法人は、土地の賃貸借契約を締結すれど（借地権はあれど）、土地の無償返還の届け出があり、相当の地代より安い地代（固定資産税と都市計画税の合算の３倍額に相当する金銭）を支払うことにより、借地権の効力が実質的に無いものと扱われる（借地権の認定課税が無いなど）。ということは、反対効果として、土地に関する権利が実質的にない（空権的な）ので、当該土地に関する費用の計上は、原則的に困難ということでしょうか。

民法上の借地権はありますが、税務上は借地権は無い。
その前に、私的に利用していた建物の除却はそもそも使用していた方が、自己負担するものですから。
賃貸借していたものではありませんので。

例外として、土地（借地権）を取得される方が、建物付のものもを購入し、そもそも取り壊して利用される場合には土地（借地権）の取得価額に含んでよい、という規定があります。

こちらに該当しませんので、原則通りの処理となりますね。