給与支払報告書 普通徴収の理由書

ご質問有難うございます。
ご質問者様のおっしゃるとおり、自治体様によって扱いも異なりますので画一的な回答は難しいですが、理由を記載しない場合の法的罰則は一般的にはございません。
理由等を記載しない場合は、普通徴収を選択しても強制的に特別徴収にされてしまうケースが実務的に多い印象を受けます。
(事前に会社様へ確認の連絡をして頂ける自治体も稀にありますが。)

従業員様が多数になる場合ですが、今後は特別徴収を前提に考えて頂き、
従業員様へ事前に周知させたほうが宜しいかと思います。
現状では、特別な理由に該当する場合に理由を明記すれば、例外的に普通徴収を選択できるとお考えになった方が宜しいかと思います。

以上、ご参考下さい。

早速のご回答ありがとうございます。
法的に罰則がないとのこと、了解致しました。おっしゃる通り、特別徴収を前提に切り替えていくように致します。