銀行振り込み手数料と領収書発行について（2回目）

領収書に記載する金額は、商品代金の1,000円です。

1,000円の領収書です。
逆の立場で貴方が送料込みで1,000円のモノを購入した時を考えて下さい。
1,000円支払っているのに900円の領収書が発行されたらおかしいと思いますよね？

ありがとうございました。
但し書きには手数料のことは書かなくてもよろしいでしょうか？

それは貴方が負担した経費ですから、相手には全然関係ないことです。
従って書きません。