輸入代行の消費税について

契約において合意がされていれば、輸入した際の輸入消費税はＢ社に請求することは可能になります。

輸入許可通知書の輸入者が貴社ということでしょうか？
そうであれば輸入消費税の納税義務者は貴社になりますが、貴社が国内で販売しないというのがよくわかりません。
輸入者が貴社であれば国内でＢ社に販売することになり、税抜経理を前提にＢ社から受取る消費税が仮受消費税、税関に支払う消費税が仮払消費税になります。
一般的な輸入代行は、輸入許可通知書の輸入者がＢ社、代理人が貴社になるのですが、ご記載の文面からはこの点が判読できません。