取引先の設備工事の費用負担をする場合について

当社が費用負担して設置する場合は固定資産として計上して良いでしょうか。

→取引先に寄附するものでなければ、貴社の所有物なので貴社の固定資産になります。

建物ではなく地面に2台設置することとなり、金額は200～300万円くらいになりそうです。勘定科目は構築物で良いでしょうか。

→具体的にどのようなものかわかりませんが、文面だけで判断すると構築物になると思います。顧問税理士がおられるのであれば、具体的な設置予定物によって判断して貰ってください。

構築物として計上する場合は、償却資産の申告は当社が取引先のある市町村へ申告することになるのでしょうか。

→所在する市区町村への申告なのでその通りです。

税法上の問題ではありませんが、他人の敷地に設置するものなので、所有権の帰属や修繕費用の負担、撤去費用の負担など契約で明確にして、後々のトラブルを回避するようにされた方がよろしいかと思います。（専門外なので詳細は弁護士にご相談ください）

丁寧で簡潔なご回答を頂きありがとうございます。
お教えいただいたとおりに処理を進めてまいります。
弁護士さんへの相談案件になることは想定外でしたのでご教示いただけて感謝しております。
ありがとうございました。