私立高校無償化の所得制限における住民税について

　お考えのとおりで大丈夫と思われます。
　申告不要制度を選択する場合は住民税の特別徴収（源泉徴収）で課税が終了します。申告しないため、株式等の譲渡益の所得金額は合計所得金額、総所得金額等に算入されません。
　逆に申告不要とされている特定株式等譲渡所得等を申告すると、これらの所得金額は合計所得金額や総所得金額等に算入されることになります。その場合は扶養控除や配偶者控除などの適用、非課税判定、国民健康保険料や介護保険料などの算定や、所得制限のある各種行政サービスなどの適用に影響が出る可能性があります。