6月から住民税控除額が9千円減ったのはなぜでしょうか？

相談者様の給与収入103万円以下であれば、配偶者控除の要件としては満たされているかと思いますので、他の控除に要因があると思います。
一つ挙げられるのは、前年にあった定額減税が今年はなくなった影響です。
それ以外ですと、社会保険料控除などが考えられます。
実際には、前年と今年の住民税決定通知書の内訳を比較してみないと分かりません。お近くの市役所の税務課に問い合わせるのも一つ手です。

ご丁寧に教えて頂き有難うございます。
他に要因がある可能性が高いということですね。残りの2ヶ月のパートを100万以下よりもっと少なくしないといけないのかと焦っていたため、まずは安心しました。
一昨年と照らし合わせながら再確認したいと思います。