会社経営（人件費）の観点と、従業員満足度（手取り）のベストバランス

文面から分かる範囲内でお答えいたします。

税金では年末調整または確定申告を経れば変わりはありませんが、
社会保険ではパターン２のほうが、ボーナスの社会保険料が上限に達するので安くなるかと思われます。

ご参考になれば幸いです。

こんにちは。
給与・賞与の総額が同じであれば、従業員とすれば受け取るタイミングの方が関心事となるかと思います。ですので、例えばパターン１とパターン２の選択制としてみるのはどうでしょうか。
以上、ご参考になれば幸いです。

協会けんぽ加入（神奈川県）という前提でお答えします。

厚生年金の保険料率は労使合わせて18.3％ですが、毎月の給与については標準報酬62万円が上限で、保険料は最高113,460円です。
賞与については月150万円を上限とし、賞与額に18.3％を乗じて計算します。

＜パターン１＞
毎月の給与が100万円のため上限に達していますので、保険料は毎月113,460円、年間で「1,361,520円」となります。

＜パターン２＞
毎月の給与が50万円のため、保険料は毎月91,500円。
賞与は１回200万円で上限に達しているため、150万円に18.3％を乗じた274,500円。
年間では、
91,500円×12月＋274,500円×3回＝「1,921,500円」
となります。

結論的としては、パターン１の方が厚生年金保険料の負担が労使合わせて56万円ほど安くなります。

ちなみに、健康保険料がかかる賞与は年間573万円までですので、パターン２の場合は上限に達している分、パターン１と比べると若干安くなりますが、厚生年金保険料と比べると微々たる金額です。

税金については、会社も従業員も、社会保険料の負担が重くなるパターン２の方が安くなりますが、トータルで手残りが多いのはパターン１の方です。