住宅手当金の返戻中、住民税に関して何か軽減できることはあるか

　住宅手当は「課税」の対象となっています。多分、過年度分は「年末調整」をやり直していると思います。
　その場合、貴方には、正しい源泉徴収票が発行され、市区町村に対しては「給与支払報告書」の訂正を送ることになるはずです。(住民税は減額されます)
　
　確認事項として、医療費控除等の確定申告書は提出していますか？
　還付金等が変更になるようでしたら、修正申告か更正の請求を税務署に提出することとなります。

　確定申告書の提出が無ければ、職場で「給与支払報告書」補正がされたか確認し、されていないようでしたら、正しい源泉徴収票を持って市区町村に相談されれば、住民税が還付になるはずです。

ご返信いただきありがとうございます。医療費控除の確定申告に関して、これは住宅手当が支払われてしまっていた3年間分に行った医療費控除の確定申告でしょうか？
行っている年と行っていない年があります。

そのとおりです。
　まずは、職場で正しい「源泉徴収票」を入手され
　①医療費控除などの確定申告をしていない
　　　・・・・・職場に確認し、今後の天引きで処理予定か自分で住民税の還付手続きをするか聞いたうえで、
　　　自分で処理する場合は正しい源泉徴収票を持って市区町村に手続きを相談します。

　②医療費控除などの確定申告をしている
　　　　所得金額が変更されます
　　　　還付金の変更がない又は納税となる場合は「修正申告」
　　　　還付金が増える場合は「更正の請求」となります
　　　　いずれも税務署で手続きを取り、
　　　　その控えを持って市区町村に相談してください。　　

　少し危惧しているのは、公務員の場合「歳出」となるため、手当金の返還を返還の年の所得から減額させる可能性もあります。
　正しい「源泉徴収票」の発効はいつ頃されるのかも含めてこのことも確認されたらいかがでしょうか。