定額減税の誤処理について

　社長の奥様は合計所得金額が48万円を超える（配偶者控除の対象ではなく配偶者特別控除の対象）ことが明らかであったということですので、次のようになります。

①　社長も奥様の他の扶養親族がなく、合計所得金額が1805万円以下である場合、定額減税額は
　　社長30,000円　、奥様30,000円　になります。

②　源泉徴収簿は正しい源泉徴収税額で作成し、納付不足分がある場合は追加で納税することになります。
　　※納期の特例の場合は6月分の納税額が少なくなっています。

③　「②」により追加で納税しますので、正しい徴収済み額で年末調整を行います。
　　なお、「追加納税」分は、一旦社長本人から徴収しても良いですし、会社で立て替えて納税しても良いと思いますが、立て替えた時にはそのことを説明したうえで「年末調整による超過額」と「実際の還付額」の違いを説明する必要があります。

ご回答いただきありがとうございます。

最終的に、年末調整で正しい計算（60,000円ではなく30,000円）をするのに、
6月に遡っての追納が必要でしょうか？
ちなみに年末調整の結果、「還付」となるため、
追納して、還付となると手間かと思い相談いたしました。

＞6月に遡っての追徴が必要でしょうか
　⇒　法令上の「正しい税務処理」をお伝えするのが、税理士の務めになるため、先の回答となりご期待にそえず申し訳ございません。
　
　　　もちろん、奥様の合計所得金額が最初は「扶養の範囲である」と扶養控除申告の合計所得金額に記載がある場合は、年末調整での補正はできます。
　　　また、源泉所得税の調査の場合進行年の時は通常通りの追加徴収になりますが、過年度になった場合は、そこまで細かくは指導しない可能性はあります。

　　なお、定額減税以外でも、月の源泉所得税を誤り少額で納付したときには、最終的には還付になる場合であっても「納付期限」の問題があるため、追加納付をすることになります。
　　また、誤って多く納税した時も、納税者が次の源泉所得税の納付時に自主的に充当することも、法令上認められていません。
　　
＞ちなみに年末調整の結果、「還付」となるため、
　追納して、還付となると手間かと思い相談いたしました。　　
　⇒　税理士は税務の法令に従っての回答しかできませんので「良いですよ」とか「大丈夫です」とはお伝え出来ないことをご理解ください。

もちろん、奥様の合計所得金額が最初は「扶養の範囲である」と扶養控除申告の合計所得金額に記載がある場合は、年末調整での補正はできます。

こちらについて、
6月時点では、103万円以下となる見込みでしたが、
期中で超えてしまったため、
年調減税で正しい減税額で定額減税を行うことといたします。

回答が難しい内容でしたがご回答いただいたこと感謝いたします。

少しでもお役に立てましたら幸いです。