固定給+歩合の所得税について

結論から申し上げますと、歩合で計算した金額から所得税が控除されることは、制度上正しい処理です。
ご認識の通り、歩合計算の際に売上から消費税分を除いて10%を算出するのは、あくまで「報酬額の計算方法」であり、所得税の課税対象額とは切り離された社内ルールです。
国税庁の見解として、従業員に支払われる固定給・歩合給を問わず、すべて給与所得として源泉徴収の対象とされています。
そのため、「歩合額の算出根拠で消費税分を引いているのだから、所得税が引かれるのはおかしい」という感覚をお持ちになるのも無理はありませんが、税法上は必ず課税される仕組みです。