不動産の保証金償却について教えて下さい

質問の回答は③になりますが、気づいた点も含めて記載します。

①契約上は、全額償却するというよりも、保証金は返還しない旨を明示する方がいいと思います。
また、税務的には保証金は返還しないことが確定した年度の収益ですので、受け取った年度で全額収益になります。毎期償却での収益計上ではありません。ただし、同額程度の工事費用の負担があるので、所得はほぼ生じないと思います。

②以後の各年度においては、賃貸収入が毎年の収益に対して、固定資産税が毎年の費用になりますので、差額の＋α部分が所得になります。

③質問者様の持出しがなく、賃料収入が発生することには特に問題はありません。先方からの経済的利益（取壊し費用の負担分と毎期の賃料）を申告していれば税務的にも問題はありません。

④賃借する部分は土地全体ですかね？そうではなく、一部分の賃借の場合で、賃料収入で全体の固定資産税をカバーできない場合は、残りの部分は6倍になった固定資産税が自己負担ですので、ご注意ください。

ご質問をお読みしていると建設協力金方式なのではないかと思います。
整備費用を最初に預かり、預かったお金で整備して毎月の賃料から預り金が差し引かれるというものだと思います。(違っているようでしたら以下参考になりませんのでスルーしてください)
「賃貸借契約時に全額償却」というところが分かりませんが、「契約期間内に全額償却」ではないでしょうか？
商流を仕訳に致しますと
①保証金預かり時　預金/長期前受収益(前受け金)　300
②毎月　長期前受収益5/家賃収入　5　(5年払いとして、年間60万円償却分)
　　　　預金　3　/　家賃収入　3　　(固定資産税+α)
毎月8万円程度の家賃設定で、300万円を5年間で返済する前提といたしました。
③整地費用　固定資産/預金　300
④確定申告　減価償却/固定資産　30？(10年～15年償却が多い)
仕訳にするとこのようになると思いますが、最終的には、整地費用をご自身で出したことになります(毎月返済していることになりますので)。
この前提で
(1)　賃料設定は周辺相場比較して問題ないか。
(2)　駐車場設備のメンテナンス費用、撤去費用はご相談者様の負担だと思います。その辺りは考えていますでしょうか？
他にも気を付ける点があるかも知れませんが、思い当たるところを記載させていただきました。

固定資産を計上するなら渡邊先生の建設協力金方式の方がいいですね。
質問拝見しておりますと、返済しないとのご認識だと読み取れますので仕訳の金額は若干異なるとは思いますが。

渡邊先生、藤田先生ありがとうございました。プロにお聞きすると、なるほどと思います。お陰で大変参考になりました。