連結納税（グループ通算制度）について

A社とB社でたとえば経営指導料などが発生していても、相殺されるため、

→連結決算で相殺しているのでA社、B社の申告には関係ないということですか？
ご質問の主旨がよくわかりませんが、グループ通算制度は、グループ内の各会社がそれぞれに調整前の所得金額を算出した後にグループ内の所得調整により各会社の調整前法人税額を算出し、その後にグループ内の税額控除をして各会社の法人税額を算出するという流れで、連結納税とは基本的に計算の手順が異なります。
法令に定められた手順で所得及び税額を算出すれば何の問題もありません。
ネット上の文章だけで説明するには限界がありますので、連結納税をされていたグループであればグループ通算制度に詳しい顧問税理士が居られるでしょうから、詳細は顧問税理士にご相談ください。