賃上げ促進税制における役員昇格者・親族給与および非課税通勤手当の取扱いについて

ご質問の件ですが、以下回答させて頂きます。

１、途中で役員に昇格した従業員およびその配偶者の給与について
ご認識の通り、「8月まではAおよびAの配偶者の給与を含め、9月以降は除外する」という処理で合っております。
賃上げ促進税制では、役員および役員の特殊関係者（配偶者や親族等）の給与は「雇用者給与等支給額」から除外されますが、これは「該当する立場であった期間」の給与のみが除外対象となります。
したがって、A氏が一般従業員であり、配偶者も特殊関係者に該当していなかった8月以前の給与は集計に含めます。役員就任により特殊関係者となった9月以降の給与分から、両名の集計を除外する取り扱いが正当です。

２、非課税通勤手当の取扱いについて
結論とまして、「非課税通勤手当を含めて集計・判定を行う」現在の処理で問題ございません。
本税制における「給与等」は法人税法上の給与等を指すため、所得税法上で非課税とされる通勤手当であっても、原則として賃上げ判定の集計対象に含まれます。
なお、事務負担軽減等の観点から、合理的な基準により毎期継続して非課税通勤手当を除外して集計する実務対応も認められていますが、原則通りに含めて計算する現在の方法は法令に則しているかと存じます。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

①そのような考え方・処理で問題ないと思われます。「役員及び役員の特殊関係者」と並列で記載がなされており、役員の特殊関係者と役員は同じ取り扱いをするのが適当であると考えられるからです。

②上記のQ＆Aに下記の記載があり、そのとおりに処理していれば問題ないと思われます。

Q11．給与等とは。
A11．俸給・給料・賃金・歳費及び賞与並びに、これらの性質を有する給与(所得税法第 28 条第 1 項に規定する給与等)をいいます。退職金など、給与所得とならないものについては、原則として給与等に該当しません。ただし、本制度の適用に当たって、賃金台帳に記載された支給額（所得税法上課税されない通勤手当等の額を含む。）のみを計算する等、合理的な方法により継続して給与等支給額を計算することも認められます。

https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/zeisei/syotokukakudai/chinnagesokushin_qa.pdf