税抜き経理の場合棚卸計上は税抜き金額か

棚卸計上額はずっと税込み金額でしていましたが、絶対税抜き金額にしないといけないのでしょうか？

→棚卸資産という同じグループについて税抜と税込の混合経理は認められませんから、税抜か税込のどちらかに統一しなければいけません。

修正するとしたら、どこからしたらいいのでしょうか？

→売上原価が正しく計算されていない可能性がありますから、内容を精査して法人税と法人住民税、事業税の修正申告又は更正の請求が必要になると考えられます。

国内取引もあってそちらは税抜き金額で計上していました。

→一番上の回答の通り、棚卸資産の経理方法はどちらかに統一しなければいけません。

なた消費税申告には影響はないですよね。

→消費税の当初申告が正しくされていれば影響ないと思いますが、経理内容を具体的に見ないとわかりません。

わかりやすくありがとうございます。
国内仕入れ、輸出売上でも棚卸計上金額は税抜きでよろしいでしょうか？
税込み税抜きか統一とありましたが、税抜き経理ですが税込みに統一することもできるのでしょうか？

売上を税抜経理で処理していれば、①固定資産、繰延資産、②棚卸資産、③経費（販売費、一般管理など）のグループごとに税抜か税込を選択できる混合経理が認められているため、当初の回答をしました。
一般的には、売上を税抜経理で処理していれば、他の科目も税抜経理で処理した方が良いとは思いますが、上記の通り混合経理が認められている以上、私の方から税抜きにしなさいとは言えません。
貴社でご判断ください。