課税される項目

消費税課税事業者届出書に記載する総売上高と課税売上高のことかと思いますが、ご記載の通り仕入や経費などは一切関係ありません。

総売上高と課税売上高は同金額になってしまいますが、特に問題ないのでしょうか？

売上が課税売上しかなければ同じになります。
法人の場合は少なくとも預金利息が非課税売上になるので、総売上高と課税売上高は異なります。