店舗賃貸業のインボイスについて

消費税は事業者が貰わなければ発生しないというものでありません。
消費税は課税資産の譲渡等に課するものと法律で決められていますので、契約上で消費税の記載がなくても貴方が受け取っている賃貸料に消費税は含まれています。貴方が免税事業者と思われるので、単に受け取った消費税が益税（収入）となっているに過ぎません。
適格請求書発行事業者になるかどうかは納税者の判断によりますが、仮に課税事業者と思われる不動産屋に出ていかれることが懸念されるのであれば、不動産屋とよく話合ってください。

ご相談者様はインボイス制度開始前（現在）は免税事業者なのでしょうか？
だとしたら、登録事業者になると消費税の納税義務が発生します。その場合これまで消費税を預かってきていなかったのだとしたら（実際は消費税込みでの金額なのですが）、借主さんにインボイス制度が導入されることを機に登録事業者となったので、消費税分値上げをする旨を伝え、賃貸契約書を作り直せばいいのではと思います。消費税だけの賃貸契約書というものはないので、消費税分値上げをした金額で賃貸契約書を締結すればいいと思います。預かった消費税分のうちいくらかは税務署に納めることとなるので借主さんにも言いやすいと思うのですが。
ただ、もし不動産業者が、消費税の課税事業者としても簡易課税制度を使っている場合、納める消費税は売上から直接計算される為支払う賃借料が、インボイス登録事業者のものでなくても関係がありません。ですので、相談者様が、わざわざ番号の登録をする必要はないのではないのか（今のままでいいのではないのか）と思います。一度、不動産業者の方にそれとなく貸主が登録事業者になることを希望するかどうかを書面ででも尋ねてみてはどうでしょうか？登録することとなれば、消費税分、値上げすることになるということで。そのお返事により今後を考えていけばいいのではと思います。
参考までの意見ですが。

ご回答有難うございます。先ず、私は免税事業者です。
一点私の理解不足でわからない点があります。不動産業者が簡易課税制度の場合…のくだりの部分ですが、インボイス登録事業者のものでなくても良いと言う点です。
このインボイス登録事業者のものでなくても良いと言うのは？よく分からないのですが

消費税の計算方法には売上にかかる消費税から仕入や経費にかかる消費税を控除して納める消費税を計算します。このほかの計算方法として、簡易課税制度という方法も有り、この計算方法は売上の種類に応じて、決められた率を売上に含まれる消費税にかけて消費税の納税額を計算します。この方法を使うと、仕入にかかる消費税は一切関係しませんので、家賃の支払い先の相談者様が、登録事業者であろうがなかろうが、不動産業者の消費税の納税額には関係しません。家賃の支払先がインボイスの登録事業者であろうがなかろうが、不動産業者の損得には影響しないという意味です。
簡易課税制度は、基準期間の課税売上高が、5,000万円以下でなければ使えないという条件などがありますので、その不動産屋さんがどのような消費税の計算方法を使っているのかは不動産業者にしか分かりません。
もしも不動産業者が簡易課税制度で消費税を計算しているのならば、相談者様がわざわざ登録事業者になる必要もないのではと思います。
一度不動産業者に登録事業者に関する希望をお伺いするのがいいと思います。
決めるのは相談者様なので、不動産業者に登録して欲しいと言われても必ずしも従う必要はありません。けれど、この先店舗を出て行ってしまう等考えられるのであれば、お互いよく話し合いの末決められるのがよいかと思います。

この度は大変詳しく教えて頂きましてありがとうございました。