消費税免除期間中の収入印紙について

消費税の免税事業者は申告納税する義務がありませんので、還付というのも当然ありません。
免税事業者は消費税を受け取っても納税しない代わりに支払った消費税も控除や還付がされないということで、全て税込で処理することになります。

その場合、顧客へ領収書を発行する場合の収入印紙の料金などは、年度末に申告して返ってくるのでしょうか？

→収入印紙は基本的に消費税非課税なので課税事業者であっても仕入税額控除や還付の対象になりません。
チケットショップで購入した場合は消費税の課税対象ですが、免税事業者には関係ないものとお考えいただければ結構です。

また、お支払い日を記入していない契約書を発行してしまった場合、領収書も発行して良いのでしょうか？

→こちらは消費税の課税免税には全く関係ありません。
契約書を相手方が了承していれば問題のないことであって、それは契約上の問題です。
契約書がどのようなものであれ、相手方から領収書の発行を求められれば発行するのが通常の対応です。

消費税免除について分かりやすくご説明いただき、ありがとうございます。
おかげさまで疑問が晴れました。