公務員退職金の差額をもらうと扶養を外れてしまうか

　 ご質問の「扶養」が、社会保険上の扶養か税務上の扶養であるか整理する必要があります。

　税務上の扶養はその年の「合計所得金額48万円以下」の場合該当します。給与のみですと年間103万円以下が該当しますが、「退職所得」の金額も含めます。

　社会保険上の扶養は「今後年間130万円以下の収入」かが扶養の判断となります。臨時の所得は含めないと聞いています。

3月末まで公務員でした。4月からは、夫の扶養に入りました。

　⇒奥様の3月までの給与の額や退職所得の金額がいくらであったか不明のため、おそらくは「社会保険上の扶養」に入られたのではないでしょうか。

　　なお、税務上の扶養（扶養控除等申告書への記載）として仮に届けた場合は、最終的にその年の年末調整時に「配偶者控除等申告書」を提出して、奥様の年間の「合計所得金額」を確認し、配偶者控除（扶養の範囲）又は配偶者特別控除が受けられるか判断されます。

　　「退職所得」の差額を受けられるとのお話ですが、当該「差額」も含めたうえで「合計所得金額」は計算されるため、税務上の扶養から外れる可能性はあります。

　　社会保険上の扶養は外れないと思いますが、社会保険関係は社会保険労務士先生のお仕事の範疇であり税理士は専門外となりますので、ご主人の会社が加入しています、社会保険組合にご確認ください。

　国税庁HPから参考箇所を添付します。
　「専門用語集」（合計所得金額）
　https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/yogo/senmon.htm

1月〜3月までの確定申告は、自己でするようでしょうか？

　⇒　年末調整が行われませんので、確定申告により「所得税の清算」をすることになります。