還付金から予定納税金が引かれる事ってありますか？

国税を還付すべき者に、遅れている国税がある場合は、相殺することになっています。したがって、あり得ることです。
なお、所得税の予定納税は、7月、11月です。引かれたのは、前年の予定納税ではないでしょうか。

払い遅れてる税金はありません。
全部きっちり払ってきました。
なのになぜでしょう？
前年の予定納税って今年払うやつですか？

納付期限の到来していない税金とは相殺されません。
5月に相殺されて還付があったということは、相殺された税金は、それより前の納期限のものです。
相殺されたとき、明細が来たと思いますが、思い当たるものがなければ税務署に問い合わせるしかありません。
外部の者が、あれこれ推測しても、あなた以上に資料がないので責任のある回答はできませんので。