父と共有名義の賃貸併用住宅の自宅部分の家賃について

3階部分については、お父様の持ち分を相談者様が使用貸借(無償使用)とするのが一般的かと思います。親族間の使用貸借であれば課税の問題は生じません。
また、土地につきましても親子間であれば使用貸借が普通かと思います。勿論、相当地代での賃貸も可能(本件の場合は2分の1になると思います)ですが、相当地代ですと高額の地代になることが予想されます。受け取る側(相談者様)はその地代は収入になりますので、確定申告が必要になります。
地代は受け取らない代わりに、3階の家賃も無償にする、という関係が税務の問題も生じない方法として望ましいかと考えます。
ご参考になれば幸いです。

お返事ありがとうございます。

使用貸借で地代を受け取らない代わりに、3階の家賃を無償にすると税務上問題ないとのことですが、
地代は受け取り（申告はもちろんします）、3階の家賃は使用貸借で無償ということだと何か税務上の問題はありますか？（その場合、父が私に支払う地代は全額経費になりますか。）

追加として、もしも自宅に追加して1階の3軒のうちの1軒（店舗）を業務に使うとしても使用貸借扱いで構わないのでしょうか。

そうなった場合、税務上固定資産税や経費についての按分は使っている自分達が多く払わないといけないことになりますか？それともあくまで持分割合の1/2でよいのでしょうか。

自分としても父としても税務上問題のない形で、なるべく自分の方にたくさんお金が入るようにしたいと思っています。

ご連絡ありがとうございます。
地代は受け取り、3階の家賃は使用貸借とすることは可能と思います。お父様が相談者様に支払う地代は、お二人が生計別であればお父様の必要経費になりますが、３階部分を使用貸借とする場合は1、2階部分に対応する地代を案分計算してその金額を必要経費にすることになります。

また、店舗部分を使用貸借とすることも可能と考えます。その場合であっても、固定資産税はその不動産の所有者に納税義務がありますので負担割合は2分の1ずつとなります。
注意すべき点は、お父様にとって収益の生じない部分(例えば3階の自宅や1階の店舗部分など)に関しては、必要経費も案分して処理する必要があるという点になります。
以上、ご参考になれば幸いです。

調べてもはっきりしない部分がわかり、とても助かりました。

迅速にお答えいただき、本当にありがとうございます。