ストックオプション権利行使時と株式譲渡時に課税される税率について

初めまして税理士の小林と申します。

ｽﾄｯｸｵﾌﾟｼｮﾝややこしいですよね。(^^;
ｽﾄｯｸｵﾌﾟｼｮﾝには税制上「税制非適格」と「税制適格」の2種類あり、まずそのどちらに
あたるのかご確認が必要です。

簡単に申し上げますと･･･
＜税制非適格＞
　①権利行使時 → 給与課税
　　→例（権利行使時株価1,500円－権利行使価格500円）×1,000株＝100万円
　　　 例えば、年収がが500万円だとすると、そこに100万円ｵﾝされますので
　　　 年収600万円の税額という訳です。

　②株式譲渡時 → 譲渡課税（約20%）
　　→例　上記より、1,500円で権利行使した株式1,000株ですと150万円の株式を保
　　　　　有していることになりますが、この150万円の株式をいくらで譲渡するか
　　　　 です。
　　　　　例えば、200万円で売却した場合は･･･
　　　　　（200万円-150万円）×約20%＝約10万円　ということになります。

＜税制適格＞
　①権利行使時 → 課税なし

　②株式売却時 → 譲渡課税 約20%
　　→｛（売却価格1,500円－権利行使価格500円）×1000株｝＝約20万円
　　　　
＞（そもそも所得税の計算も良く分かってません…月々の所得額でなく、年間所得額で計算＞されているのでしょうか？所得額として、裁量手当や残業代は…含まれますよね？住宅補＞助金は含まれるのでしょうか？交通費は調べたところ含まれないみたいなのですが…）

　こちらのご質問は上記「税制非適格」の①権利行使時 給与課税される場合に適用され
　ます。
　つまり、その年の年収の考え方ですが、ご質問のうち交通費以外は原則として課税対象
　ですので、年間所得に含まれます。

以上、ご質問の前提条件の範囲内での回答ですので、ご参考程度にお考え下さい。
費用にもよりますが、税理士等の専門家にお願いすることも良いかも知れませんが
ｽﾄｯｸｵﾌﾟｼｮﾝを実施している会社であれば、総務なりに聞くとすぐ教えてくれると考えます。