持続化給付金の申請について

何月を対象月とされたのでしょうか？
2020年5月を対象月としたのであれば、直前の事業年度は2020年4月期ですので、「一般的な申請方法」ではなく「A-1．直前の事業年度の確定申告が完了していない場合」になると思います。
申請要領23ページをご確認ください。

何月を対象月とされたのでしょうか？

⇒ 2月です。（仕入先が全てヨーロッパですので、もう1月から商品の発注ができない状況でした。）

2月であれば不備メールの要因がわかりません。
申し訳ありませんが、コールセンターにお問い合わせいただくしかないと思います。

あと考えられるのは
確定申告書の別表1には税務署の受付印がありますか？
もしくは電子申告の場合、受信通知を添付しましたか？

ご質問者様の申請内容がわかりませんので、当初ご質問の確定申告書（決算書とご記載ですが確定申告書ですよね？）別表１の不備で考えられるのは上記位かと思います。

確定申告書の別表1には税務署の受付印がありますか？
もしくは電子申告の場合、受信通知を添付しましたか？

⇒ あります。税理士の捺印もあります。⇒（この税理士さんには、いまは依頼していません、

決算月が、4月からなのですかねぇ？
持続化給付金事務局は、混雑していて、なかなか問い合わせはできません。

2020年2月を対象月とされているのであれば、2019年2月が比較月になりますので、不備内容がわかりません。
申請に入力した項目と証拠書類の整合性を確認して、コールセンターに問い合わせるか、最寄りの申請会場に行って確認するかされないとわからないと思います。